Nature Medicine Paper souligne un nouveau coronavirus qui menace la santé humaine

Fin décembre 2019, Wuhan, Chine, a signalé un groupe de patients atteints d’une « pneumonie atypique » d’étiologie inconnue. Un nouveau type de coronavirus humain (maintenant temporairement appelé « SRAS-CoV-2 ») a été identifié comme la cause de cette maladie (maintenant appelée « COVID-19 »).

Il est de plus en plus reconnu que les coronavirus peuvent causer d’importantes menaces de maladie virale émergente. Les deux exemples les plus récents sont le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Les deux coronavirus (229E et OC43) circulant chez l’homme proviennent d’animaux. L’éclosion de coronavirus SRAS-CoV-2 a débuté en décembre 2019. L’Organisation mondiale de la Santé a déclaré l’épidémie le 30 janvier 2020 comme une urgence de santé publique d’intérêt international (Urgence de santé publique de portée internationale). Les cas et les décès signalés par le COVID-19 ont dépassé les cas et les décès du SRAS ou du MERS. Dans une nouvelle étude, Leo L. M. Poon et Malik Peiris de l’École de santé publique de la Li Ka Shing School of Medicine de l’Université de Hong Kong en Chine ont mis en évidence d’importantes découvertes récentes liées à cette épidémie mondiale. Les résultats de la recherche connexe ont été publiés dans la revue Nature Medicine sous le titre « Emergence of a novel human coronavirus threatening human health ».

Le SRAS-CoV-2 peut être facilement cultivé à partir de spécimens cliniques, et des isolats de virus sont maintenant disponibles en Chine continentale et ailleurs. Le SRAS-CoV-2 est génétiquement similaire à d’autres coronavirus du sous-genre Sarbecovirus, qui est une bêta composée du coronavirus SRAS-CoV qui cause le SRAS et d’autres coronavirus semblables au SRAS-CoV trouvés chez les chauves-souris Coronavirus clade. La recombinaison entre les coronavirus est courante, et le SRAS-CoV est considéré comme un recombinant entre les sarbecovirus de chauve-souris. Fait intéressant, l’ensemble du génome du SRAS-CoV-2 est très similaire au génome d’un coronavirus de chauve-souris détecté en 2013 (identité de séquence de 96 %), ce qui indique que l’ancêtre direct du SRAS-CoV-2 se propage déjà depuis au moins quelques années.

Une analyse à l’échelle du génome du SRAS-CoV-2 indique que l’épidémie est causée par l’introduction d’une maladie zoonotique, et que le virus est relativement génétiquement stable chez l’homme. Selon les rapports, le premier cas d’agrégation humaine était lié au contact avec un marché de fruits de mer connu pour vendre des animaux sauvages pour la nourriture. Comme on l’a observé dans l’épidémie de SRAS, la transmission zoonotique du SRAS-CoV-2 peut impliquer un ou plusieurs hôtes intermédiaires. Cependant, certains des premiers cas n’ont pas été exposés à ce marché des fruits de mer en épidémiologie. Par conséquent, il n’est pas clair si le saut zoonotique initial a été directement transmis des chauves-souris à l’homme, ou si des espèces de mammifères intermédiaires ont été impliqués. Il est très important de déterminer la source des maladies zoonotiques précoces, parce que si la voie initiale de transmission des événements zoonotiques est déterminée et interrompue, il est probable que d’autres événements de transmission zoonotique se produiront.

Des études antérieures sur plusieurs coronavirus de type SRAS-CoV ont montré que certains de ces virus peuvent être infectés par le récepteur humain ACE-2. On s’attend à ce que la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 soit structurellement similaire à celle du SRAS-CoV. En fait, il peut être lié par un anticorps monocnel spécifique pour la protéine de pointe SRAS-CoV. Bien que les principaux résidus d’acide aminé essentiels à la liaison à ACE-2 soient mutés dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2, ce nouveau coronavirus peut utiliser l’humain, le porc, la chauve-souris et la civette ACE-2 dans les expériences, mais ne peut pas utiliser la souris ACE-2 pour entrer dans les cellules hôtes. En théorie, la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 peut également interagir avec ACE-2 d’autres animaux.

Dans les 99 premiers rapports cliniques de patients diagnostiqués avec l’infection de SRAS-CoV-2, les symptômes communs étaient la fièvre et la toux (80 %). Essoufflement (31%) et des douleurs musculaires (11%) ont également été trouvés dans ces patients. Contrairement aux patients infectés par le coronavirus humain qui cause le rhume, l’écoulement nasal et les maux de gorge sont rares chez les patients hospitalisés (5 %), mais peuvent être plus fréquents chez les patients atteints de troubles plus doux. Dans la série de cas en hospitalière, les preuves radiologiques de ou unilatéral (25%) la pneumonie a été trouvée, parfois avec le marbrage multiple et la turbidité de sol-verre (opacities de verre de sol-verre). 17% des patients ont le syndrome aigu de détresse respiratoire, qui mène parfois à l’échec multiple d’organe et à la mort. Environ 75 % des patients ont besoin d’oxygène supplémentaire, tandis que 13 % ont besoin d’une ventilation mécanique. L’âge de ces patients varie de 21 à 82 ans, dont 67% des patients sont âgés de plus de 50 ans, et 51% des patients ont des comorbidités potentielles. Leurs manifestations cliniques et leur progression sont semblables à celles des patients atteints du MERS ou du SRAS.

Les données de cas groupées récentes suggèrent que les manifestations cliniques globales de cette maladie puissent être plus hétérogènes. Les symptômes des voies respiratoires supérieures tels que les maux de gorge et la congestion nasale, ainsi que la diarrhée, peuvent se produire dans les cas plus bénins. Les preuves radiologiques de la pneumonie peuvent se produire même dans les infections asymptomatiques. Ces cas groupés indiquent également que les personnes âgées sont liées à des maladies plus graves, et la gravité des jeunes et des enfants diminue progressivement. Une augmentation de la gravité des maladies liées à l’âge a également été observée dans le SRAS.

Les échantillons de voies respiratoires inférieures (comme les expectorations) semblent avoir une charge virale plus élevée que les échantillons des voies respiratoires supérieures (comme les écouvillons de gorge). L’ARN viral a également été détecté dans des échantillons de sang et de selles, mais les gens ne savent pas si ces échantillons non respiratoires sont infectieux. Considérant que les échantillons de selles des patients atteints du SRAS sont infectieux dans certaines circonstances (par exemple, l’incident de Hong Kong Amoy Gardens), il est recommandé de prendre des mesures pour prévenir la transmission des selles à la bouche.

En plus de certains cas précoces de COVID-19, les infections humaines subséquentes sont également causées par une transmission interpersonnelle durable. À l’aide des 425 premiers cas confirmés à Wuhan, Li et coll. a estimé la période moyenne d’incubation de l’infection par le SRAS-CoV-2 à 5,2 jours (intervalle de confiance de 95 % (CI), de 4,1 à 7,0). Environ 95 % des cas étaient 12,5 symptômes apparaissent en quelques jours, de sorte que les 14 jours actuellement recommandés d’observation médicale ou d’isolement sont raisonnables. Le nombre de régénérations (R0, le nombre de cas secondaires attendus dans les populations pleinement sensibles) et le doublement épidémique sont estimés à 2,2 (IC à 95 %, 1,4-3,9) et 7,4 jours (IC à 95 %, 4,2 à 14). La recherche d’autres personnes a également obtenu des valeurs à peu près similaires. Cela est comparable à ce qui a été observé pendant l’épidémie de SRAS. Cependant, la propagation du SRAS-CoV-2 peut se produire chez les patients atteints d’une maladie bénigne. La question de savoir si la propagation se produira plus tard pendant la période d’incubation est toujours controversée. Ceci contraste fortement avec le mode de transmission observé pendant l’épidémie de SRAS : la transmission du SRAS ne se produit que 4 à 5 jours après l’apparition des symptômes, et se produit rarement avant cela. Pris ensemble, ces résultats suggèrent que les interventions de santé publique qui interrompent avec succès la propagation du SRAS-CoV sont peu susceptibles d’être également efficaces dans l’épidémie actuelle de COVID-19.

Wu et coll. a estimé qu’il y avait plus de 75 000 personnes infectées à Wuhan entre le 1er décembre 2019 et le 25 janvier 2020 en utilisant les données sur les cas d’exportation et les données du mode voyage de Wuhan. D’après les tendances actuelles, et en supposant une baisse de la propagation due à l’intervention, ils prévoient que l’épidémie de Wuhan culminera en avril 2020. Ils prévoient également que l’épidémie continuera de croître de façon exponentielle en dehors de Wuhan. Leurs simulations montrent en outre que les interventions de santé publique peuvent réduire la propagation de la maladie de 50 %, mais sans réduire la mobilité démographique, la croissance exponentielle de la maladie peut être considérablement retardée d’au moins quelques mois. Bien que les mesures actives de lutte contre les maladies, telles que les suspensions d’écoles et l’isolement social, puissent retarder l’établissement de voies de transmission dans les pays à risque de maladie importée, il n’est pas clair si la transmission mondiale de la maladie peut être évitée.

Bien que beaucoup de choses aient été apprises au cours des dernières semaines, il existe encore de nombreuses lacunes dans les connaissances, y compris le mode de transmission, la stabilité du virus dans l’environnement, la pathogénie et des traitements et vaccins efficaces. Dans la situation actuelle, la question la plus importante est la gravité de la maladie. Il convient de noter que dans les premiers jours de la pandémie de grippe H1N1 en 2009, les décès par cas signalés ont été estimés à 10%. Cependant, les études épidémiologiques du sérassique basées sur la population stratifiées par âge montrent que le taux global réel de mortalité par cas est d’environ 0,001 %. Par conséquent, des études épidémiologiques sériques sont nécessaires pour estimer de façon fiable la gravité réelle de la maladie. Les infections passées peuvent également se traduire par l’immunité de la population, qui est des données qui doivent être prises en considération dans le futur modèle de transmission de ce virus. Il convient de noter que l’infection AU MERS-CoV ou la maladie de MERS n’entraîne pas toujours une réponse détectable d’anticorps. Si l’infection par le SRAS-CoV-2 a une cinétique similaire à la réaction des anticorps comme l’infection par le MERS-CoV, cela peut avoir un impact sur l’épidémiologie du sérum et l’immunité de la population. Par conséquent, il est urgent d’étudier la dynamique des anticorps du SRAS-CoV-2 et la dynamique de la réponse immunitaire à médiation cellulaire.

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Leo L. M. Poon et coll.Émergence d’un nouveau coronavirus humain menaçant la santé humaine. Nature Medicine, 2020, doi:10.1038/s41591-020-0796-5.